超过诉讼时效的债权经协议由法院制作调解书的应该履行

    对超过诉讼时效的债权，当事人达成协议的，人民法院是可以以调解书的形式进行确认的。民事诉讼法第85条规定：“人民法院审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。”对于超过诉讼时效的债权，债权人虽然丧失了胜诉权，但他还有要求债务人履行债务的权利，而债务人也并不完全失去履行债务的责任。只是这种履行不受国家强制力的强制，而变成了一种自然债。民法通则第138条规定：“超过诉讼时效期间，当事人自愿履行的，不受诉讼时效限制。”

    因此，当双方当事人就超过诉讼时效的债权达成还款协议后，这个新的协议就是对原权利义务关系的重新确认，人民法院当然可以对此协议以调解书的形式进行确认。综上所述，曾某对其与小强达成的还款协议经法院调解书确认后反悔是不符合法律规定的，他应当自觉履行。如其不履行，小强可向人民法院申请强制执行。